Suốt trong nhiều năm, số cá Nhật Bản đánh bắt được lớn hơn bất kỳ một quốc gia nào trên thế giới. Người Nhật cũng tiêu thụ một lượng lớn cá và các hải sản. Tuy nhiên, trong những năm gần đây, Nhật Bản cũng như các quốc gia có ngành ngư nghiệp phát triển khác đều phải chứng kiến tình trạng cạn kiệt của các ngư trường ven biển và xa bờ.

Ngư nghiệp Nhật Bản tuột dốc do trữ lượng cá ở các vùng nước ven biển cạn kiệt và những quy định quốc tế về hạn chế đánh bắt cá ở các vùng biển sâu. Hiện nay ngư nghiệp nước này chỉ còn xếp thứ ba trên thế giới. Để bù đắp sản lượng cá thiếu hụt, Nhật Bản phát triển ngành nuôi trồng thuỷ sản. Nước này còn tăng số lượng hàng thuỷ hải sản nhập khẩu, năm 2002 đạt 3,88 triệu tấn. Cá vẫn đóng vai trò quan trọng trong bữa ăn và chiếm gần 40% lượng protein động vật được hấp thụ của người Nhật – con số này cao hơn nhiều so với hầu hết các nước phương Tây.

Sự sụt giảm số tàu đánh cá đã tác động mạnh tới nhiều cộng đồng ngư dân. Trong vòng 30 năm qua, số việc làm trong ngành ngư nghiệp đã giảm gần một nửa và đến năm 2002 chỉ còn 243.330 việc làm. Các cộng đồng ngư dân chịu ảnh hưởng nhiều vấn đề, từ sự phản đối của các tổ chức bảo vệ môi trường cho đến ô nhiễm nước. Tuy nhiên vấn đề chính là do sự đánh bắt bừa bãi ở ven bờ. Cá bị đánh bắt quá nhiều dẫn đến mất cân bằng hệ sinh thái. Hệ quả là số tàu đánh cá giảm, kéo theo sự hình thành những khu thất nghiệp ở một số vùng ven bờ.